La primera figura duanera neix l'any 1902 amb les primeres taxes que graven la introducció de mercaderies en territori andorrà. Poc a poc el nombre de mercaderies que es veuen gravades amb taxes o figures impositives a la importació augmenten (vins, licors, aiguardents, cotxes, bicicletes, gasolina). A comptar de la dècada dels anys 30 es dibuixa un sistema impositiu de manera que al maig del 1936 s'estableix la necessitat de tenir persones de control a la frontera franco-andorrana.

A partir de l'any 1963 es comencen a definir i a estructurar els orígens de la Duana Andorrana com a "servei de controls" depenen de la Comissió de Finances del Consell General. Progressivament la normativa duanera així com les regulacions i condicions específiques que regulen el cos i el servei aniran implementant-se dotant-lo d'un organigrama i d'unes funcions específiques entre les quals la principal com és la de garantir les recaptacions i els ingressos corresponents a les importacions de mercaderies.

L'any 1978 es canvia el nom de servei de controls per l'actual de "Duana Andorrana". L'evolució ha sigut constant i condicionada per relacions comercials del Principat, fins a esdevenir la branca de l'Administració encarregada de la comptabilització, liquidació i recaptació dels drets de Duana i imposicions fiscals percebudes en el moment de la posada al consum de la mercaderia després de llur importació.

Les relacions comercials d'Andorra han sigut sempre unes relacions marcades per una forta vinculació amb els seus estats veïns. Fins al 1990 aquestes relacions es centraven en relacions bilaterals Andorra-França i Andorra-Espanya formalitzades en un intercanvi de cartes, documents signats l'any 1867.

L'entrada de França i sobretot l'entrada d'Espanya a la Comunitat Europea obliguen a reveure aquests acords històrics entre Andorra i els seus dos Estats veïns. D'aquesta manera Andorra signa l'any 1990 un acord comercial amb la Comunitat Europea que permet que les relacions comercials d'Andorra s'integrin en l'àmbit internacional.

L'intercanvi de lletres que es formalitza el 28 de juny de 1990 entre el Principat d'Andorra i la CEE i que entra en vigor l'1 de juliol de 1991 afecta radicalment l'estructura i l'organització de la Duana Andorrana, tot i que aquesta manté la seva funció tradicional de percepció de drets i impostos a la importació.