Les línies principals de treball quant al medi aquàtic són:

La gestió de la pesca: amb el seguiment de les poblacions i de les operacions de repoblacions. El Departament disposa d'una piscifactoria situada a les Salines (Ordino), amb més de 10.000 truites i salmons de font que es crien cada any per al plaer dels pescadors.

La gestió del medi aquàtic: amb un seguiment de les operacions de manteniment dels rius i els torrents i la vigilància de la qualitat biòtica de les aigües. Quant a la protecció del medi aquàtic, hi ha una legislació específica que té un paper important pel que fa a l'atorgament de les llicències d'obres.